Kryształ górski i jego barwne odmiany występują w formie wielkokrystalicznej, w formie wyraźnie wykształconych kryształów – sześciobocznych słupów o średnicy dochodzącej do 8 metrów i masie wielu ton. Całkowicie odmienną budowę mają odmiany kwarcu zaliczone do grupy chalcedonu.
Są tak różne od kryształu górskiego czy ametystu, że przez wiele wieków uważane były za odrębny minerał. Tymczasem mają ten sam skład chemiczny i podobnie jak kwarc krystalizują w układzie trygonalnym. Zasadnicza różnica polega na tym, że chalcedon, podobnie jak zwykłymi sposobami otrzymywane metale techniczne, ma budowę skrytokrystaliczną lub inaczej – mikrokrystaliczną. Najmniejszy nawet kawałek chalcedonu składa się z tysięcy lub setek tysięcy drobniutkich kryształów.
Różnica ta wynika w głównej mierze z warunków krystalizacji. Duże kryształy kwarcu, podobnie jak duże kryształy innych minerałów, a również metali, mogą powstać tylko w warunkach bardzo powolnej i spokojnej krystalizacji. Dla metali i minerałów krystalizujących ze stopów warunkiem głównym będzie bardzo wolny spadek temperatury. Dla minerałów krystalizujących z roztworów-bardzo powolny przepływ elementów tworzących kryształ w roztworze. Warunkiem równie ważnym, i to dla obu procesów krystalizacji, jest czystość stopu lub roztworu. Każde zanieczyszczenie może stać się zarodkiem tworzenia się kryształu. Im więcej zanieczyszczeń, tym więcej kryształów rodzi się w tym samym czasie i bardziej drobnoziarnistą strukturę będzie miało ciało krystaliczne. Warunki idealne występują wówczas, gdy zanieczyszczeń, potencjalnych zarodków krystalizacji, jest niewiele, a proces krystalizacji przebiega bardzo wolno. W takich warunkach nie może dojść do jednoczesnego, rozpoczynającego się w tym samym momencie „narodzenia się” kilku kryształów, a gdy zacznie rosnąć pierwszy kryształ, niemożliwe staje się narodzenie następnego na innym zarodku krystalizacji. Ten pierwszy jakby przyciągał wszystkie potrzebne mu do wzrostu atomy, jony lub cząsteczki.